ای ام دی مگ
  • مجله خبری محصولات ای ام دی
No Result
View All Result
ای ام دی مگ
  • مجله خبری محصولات ای ام دی
No Result
View All Result
ای ام دی مگ
No Result
View All Result
صفحه اصلی اخبار محصولات AMD

NAMD 3.0 دینامیک مولکولی مقیاس پذیر را برای …

محمدصادق مجدی توسط محمدصادق مجدی
31 خرداد 1401
in اخبار محصولات AMD
0


You might also like

خانواده مینی پی سی شیائومی شامل سیستم های مجهز به AMD Ryzen 7 6800H می شود – VideoCardz.com

دمای Ryzen 5800x3d تحت آب خنک کننده: Amd

آیا انتظار دارید Ryzen 5800X3D دوباره به 300 یورو کاهش یابد؟

دینامیک مولکولی یک روش بسیار مفید در شبیه‌سازی کامپیوتری است که می‌تواند پیش‌بینی‌های علمی ارزشمندی را در طیف وسیعی از زمینه‌ها از فیزیک شیمی گرفته تا علم مواد و بیوفیزیک به دست آورد. یکی از کاربردهای بسیار مورد توجه برای محاسبه دینامیک مولکولی، NAMD (دینامیک مولکولی در مقیاس نانو) است. این یکی از هشت بار کاری بود که توسط مرکز آمادگی برنامه‌های کاربردی تسریع شده برای آماده شدن برای اجرا انتخاب شد. ابررایانه مرزی آزمایشگاه ملی اوک ریج (ORNL).، اولین ابر کامپیوتر exascale در ایالات متحده آمریکا که در حال حاضر سریعترین ابررایانه در جهان است.*

life sci.pngNAMD نشان داده است که می تواند سیستم های عظیمی مانند سلول های بیولوژیکی کامل را شبیه سازی کند. این برای ارائه بینش ارزشمندی در مورد ویروس کووید-19 به کار گرفته شد و نوید پیشرفت های بزرگی را در درک ما از نحوه رفتار سلول های باکتریایی داد. دینامیک مولکولی چیزهای زیادی برای ارائه دارد که NAMD اخیراً برای ارائه مقیاس‌پذیری که به بودجه ابررایانه‌ای نیاز ندارد و توانایی مطابقت با قابلیت‌های GPU و CPU در پلتفرم میزبان ارتقا یافته است. پیشرفت کلیدی این است که کد را قادر می سازد تا به طور کامل بر روی GPU اجرا شود، به طوری که توسعه سریع قدرت پردازش از شتاب دهنده هایی مانند سری AMD Instinct™ MI200 به راحتی قابل استفاده است.

ما اکنون نسخه‌ای از NAMD داریم که تقریباً به طور کامل دینامیک را روی پردازنده گرافیکی انجام می‌دهد، به طوری که بسیار سریع است، سپس اگر روی یک گره چند GPU هستیم، می‌توانیم نمونه‌برداری بسیار بیشتری انجام دهیم.» دکتر دیوید جی. هاردی، برنامه‌نویس ارشد تحقیقاتی در مرکز NIH برای مدل‌سازی ماکرومولکولی و بیوانفورماتیک، موسسه بکمن برای علوم و فناوری پیشرفته در دانشگاه ایلینوی در Urbana-Champaign، و توسعه‌دهنده اصلی NAMD می‌گوید.

دینامیک مولکولی همه چیز در مورد مدل سازی برهمکنش بین اتم ها در طول زمان است. بدون مقیاس‌گذاری چند GPU، نقطه شیرین برای استفاده کامل از یک GPU بین 100000 تا 200000 اتم است. اما با مقیاس گذاری چند GPU، این به طور قابل توجهی افزایش می یابد. هاردی می‌گوید: «وقتی در چند پردازنده گرافیکی مقیاس‌پذیری می‌کنید، مورد آزمایش ما یک سیستم یک میلیون اتمی بوده است. برای مثال، با رویکرد اصلی NAMD، که در Frontier پیاده‌سازی شده است، از یک GPU offload استفاده می‌شود که در آن شتاب‌دهنده فقط نیروها را محاسبه می‌کند و حالت‌های GPU را بین مراحل زمانی حفظ نمی‌کند. با این وجود، CPU می تواند به یک گلوگاه تبدیل شود، به ویژه هنگامی که عملکرد GPU به سمت بالا حرکت می کند.

برای مقابله با این، NAMD 3.0 ایجاد شد. هاردی می‌گوید: «ما بازنویسی‌های زیادی انجام دادیم تا کد GPU را ثابت کنیم. “این نسخه مقیم GPU از کد، داده ها را بین مراحل زمانی روی GPU حفظ می کند، بنابراین شما دیگر جریمه انتقال حافظه دستگاه میزبان را که ما با مدل تخلیه GPU انجام می دادیم، پرداخت نمی کنید. این یک بازده بزرگ برای ما است، دو برابر شدن عملکرد در هنگام اجرا بر روی یک GPU. NAMD 3.0 همچنین می‌تواند در چندین پردازنده گرافیکی مقیاس‌پذیر باشد، اگرچه کد قابلیت اجرا در حالت تخلیه را با حالت انتخاب شده از طریق یک تنظیمات پیکربندی ساده حفظ می‌کند.

افزایش عملکرد از کد مقیم GPU به این معنی است که هزینه محاسبه هر مرحله زمانی کمتر است. هاردی می‌گوید: «ما می‌توانیم گام‌های زمانی بیشتری در روز اجرا کنیم. این بدان معناست که NAMD 3.0 می‌تواند نانوثانیه‌های بیشتری از شبیه‌سازی را در روز ارائه دهد، که به این معنی است که تحقیقات می‌تواند با سرعت بیشتری انجام شود و نتایج سریع‌تر به دست آید. نرخ‌های نمونه‌گیری برای کاربران نهایی NAMD کلیدی است زیرا با پدیده‌های بیولوژیکی که معمولاً مطالعه می‌کنند مرتبط است. دوبرابر کردن نرخ نمونه‌برداری با کد مقیم GPU به کاربران نهایی اجازه می‌دهد تا پدیده‌ها را در یک بازه زمانی معقول‌تر شبیه‌سازی کنند. برای مثال، برای تحقیقات واکسن، این به معنای ایجاد داروی جدید برای آزمایش زنده سریعتر و یافتن درمانی در زمان کمتر است.

20467978-A_AMD_ROCm_Lockup_Black_RGB.pngبه قابلیت های NAMD نیز کمک زیادی شده است AMD HIPکه به توسعه دهندگان آشنا با NVIDIA CUDA اجازه می دهد تا کد خود را به راحتی به پردازنده های گرافیکی AMD Instinct منتقل کنند. هاردی می‌گوید: «با کمی فایل هدر اضافی و جادوی ماکرو، ما می‌توانیم از HIPIFY برای دستیابی به شتاب بسیار خوب GPU AMD استفاده کنیم. “این برای ما بسیار مفید بوده است.” این امر همچنین ضروری بوده است زیرا ORNL’s Frontier بیشتر FLOPS های خود را از پردازنده های گرافیکی AMD Instinct خود دریافت می کند، به این معنی که NAMD باید بومی AMD باشد تا از قدرت پردازش فوق العاده این ابر رایانه exascale استفاده کند.

هاردی می‌گوید: «اکنون که GPU این دستگاه کالایی واقعاً فوق‌العاده است، این چیزی است که می‌خواهیم بتوانیم از NAMD پشتیبانی کنیم. ما بسیار هیجان‌زده هستیم که می‌توانیم NAMD را به سرعت روی پردازنده‌های گرافیکی AMD اجرا کنیم. ما از فناوری HIP و HIPify بسیار سپاسگزاریم و اینکه چقدر آسان بوده است که بتوانیم روی AMD اجرا کنیم. ما مجبور نبودیم یک مسیر کد کاملاً جدید را معرفی کنیم، که مانع بزرگی برای رسیدن به عملکرد خوب خواهد بود.”

با نگاه به آینده، نقشه راه NAMD این است که کد مقیم GPU را در گره های میزبان GPU و همچنین چندین GPU در یک گره واحد مقیاس بندی کند. در حال حاضر، این نیاز به یک اتصال ویژه دارد تا امکان انتقال مستقیم حافظه بین پردازنده‌های گرافیکی در گره‌های مختلف را فراهم کند. هاردی می‌گوید: «ما باید از فناوری‌های ارتباطی متفاوتی استفاده کنیم تا بتوانیم این کار را انجام دهیم.

نسخه مقیم GPU NAMD همچنین دارای قابلیت های گسترده ای خواهد بود تا آن را با ویژگی های نسخه offload مطابقت دهد. دینامیک مولکولی یک روش بسیار منعطف است و به همین دلیل، بسیاری از ویژگی‌های پیشرفته مختلف در NAMD برای بهره‌برداری از مکانیسم‌های مختلف در دینامیک مولکولی برای انجام کارها از دیدگاه روش‌شناختی برای تسریع محاسبات شما معرفی شده‌اند. به گفته هاردی، وقتی در حال انجام دینامیک مولکولی هستید، بخشی از آنچه که سعی در دیدن آن دارید تغییراتی است که در حال عبور از موانع انرژی مختلف هستید.

هاردی ادامه می‌دهد: «بسیاری از این روش‌های نمونه‌گیری پیشرفته به شما امکان می‌دهند بهتر از این موانع انرژی عبور کنید. این می تواند با کشیدن بخشی از سازه یا با وارد کردن نیروهای هدایت شده به سازه یا با اصلاح خود فعل و انفعالات برای صاف کردن سطح انرژی کمی بهتر باشد تا بتوانید نمونه برداری سریع تری از این سطح انرژی انجام دهید و از تاییدیه های مختلف بازدید کنید. حالت های مورد علاقه برای هر چیزی که شبیه سازی می کنید. ما فقط تعداد انگشت شماری از این موارد را در حال حاضر در نسخه تکی با GPU پشتیبانی می کنیم. ما هنوز هیچ کدام از آنها را نداریم که کاملاً روی نسخه چند GPU کار کنند. اکنون یک چیز بزرگ برای ما این است که بتوانیم از این ویژگی‌های پیشرفته مختلف در کد مقیم GPU نیز پشتیبانی کنیم.

NAMD 3.0 در حال حاضر سطوح بی نظیری از سرعت شبیه سازی را از طریق به روز رسانی مقیم GPU ارائه می دهد. هنگامی که نسخه مقیم GPU NAMD با قابلیت های نسخه offload مطابقت داده شود، انعطاف پذیری بیشتری برای تحقیقات دینامیک مولکولی ایجاد می کند. ابزارهای با کارایی بالا را در اختیار طیف وسیع تری از محققان قرار می دهد تا اکتشافات علمی جدید را با سرعت بیشتری انجام دهند.

درباره NAMD بیشتر بدانید و NAMD 3.0 بر AMD Infinity Hub.

guy_ludden_0-1655820793438.jpeg

Bryce Mackin Sr. Mr. Marketing Product است. برای AMD پست های او نظرات خودش است و ممکن است موضع، استراتژی یا نظرات AMD را نشان ندهد. پیوندها به سایت‌های شخص ثالث برای سهولت ارائه می‌شوند و AMD هیچ مسئولیتی در قبال محتویات این سایت‌های لینک‌شده ندارد و هیچ‌گونه تاییدیه‌ای ندارد.

تمام ادعاهای مربوط به عملکرد و صرفه جویی در هزینه توسط دکتر دیوید جی هاردی ارائه شده است و به طور مستقل توسط AMD تأیید نشده است. عملکرد و مزایای هزینه تحت تأثیر متغیرهای مختلفی قرار می گیرد. نتایج در اینجا مختص مرکز NIH برای مدل‌سازی ماکرو مولکولی و بیوانفورماتیک است و ممکن است معمولی نباشد. GD-181

* لیست Top500 ژوئن 2022 را ببینید.



منبع

Tags: ای ام دی
محمدصادق مجدی

محمدصادق مجدی

Recommended For You

خانواده مینی پی سی شیائومی شامل سیستم های مجهز به AMD Ryzen 7 6800H می شود – VideoCardz.com

توسط محمدصادق مجدی
12 آذر 1401
0

ارسال شده توسط /u/Stiven_Crysis منبع

Read more

دمای Ryzen 5800x3d تحت آب خنک کننده: Amd

توسط محمدصادق مجدی
12 آذر 1401
0

سلام،امیدوارم آخر هفته خوبی داشته باشیدمن یک سوال در مورد دمای CPU 5800x3D دارم. اساساً این اولین CPU AMD من است و تصمیم گرفتم تغییری بدهم در حالی...

Read more

آیا انتظار دارید Ryzen 5800X3D دوباره به 300 یورو کاهش یابد؟

توسط محمدصادق مجدی
12 آذر 1401
0

سلام، من در نظر دارم Mainboard قدیمی خود را به 5800X3D ارتقا دهم. در اروپا قیمت در حال حاضر حدود 350 یورو در نوسان است، آیا انتظار دارید...

Read more

کدام بهتر است Rx 5700 xt یا Rx 6600 بخرید

توسط محمدصادق مجدی
12 آذر 1401
0

من یک ryzen 3 3200g 550w دارم هر گونه پیشنهادی مادربردم را نمی دانم برای بازی های 1080p کم یا متوسط ​​و اینکه بازی هایی که در سال...

Read more

آیا در آمازون مورد کلاهبرداری قرار گرفتم؟ AMD RYZEN 9 : Amd

توسط محمدصادق مجدی
12 آذر 1401
0

به طور مستقیم توسط آمازون فروخته می شود. شما مورد کلاهبرداری قرار نگرفته اید. تا چند روز دیگه ارسال میشه آمازون در اینجا در کانادا به دلیل تمام...

Read more
Next Post

آموزش ویدیویی سریع و راحت طراحی ناخن با پیگمنت

نوشته‌های تازه

  • معرفی و بررسی 3 تا از بهترین شرکتهای لوله بازکنی در تهران-lolebazkonii
  • فروش باتری یو پی اس UPS صبا باتری قیمت باتری ups صبا باتری با گارانتی معتبر-مستر انرژی پلاس
  • بررسی تأثیر آموزش هوش هیجانی بر خطرپذیری دختران نوجوان نشریه پرستاری کودکان و نوزادان-آل اسکیپ
  • تولید و فروش انواع جا کفشی مدرن چوب آشیونه-سیب چوب
  • خرید کابل شارژر فست شارژ Archives بازارآتی فروشگاه اینترنتی
  • انواع سویشرت و هودی زنانه فروشگاه سلام مامانی-پوشاک زئوس
  • راهنمای خرید شارژر لپ تاپ و تفاوت شارژر اورجینال و کپی شهر باتری-شارژر لپتاپ مستر جانبی
  • قیمت جدید 98 اسب مسابقه در ایران سایت قیمت ها-رویال هورس
  • جواب بازی آمیرزا جواب تمامی مراحل 1 تا 1457 مجله تصویر زندگی-فاوینو
  • خرید از فروشگاه شیراز مس شیراز دیوار-دیزما
  • رپرتاژ به چه معنی است و چه کاربردی دارد؟ رپورتاژ آگهی-خرید بک لینک،خدمات لینکسازی،خرید رپورتاژ،خرید PBN گلدلینک
  • مدبران رایان پرداز خدمات کامپیوتر تعمیر و نگهداری
  • نمایندگی بیمه البرز کاشان کد 3520 + شماره تلفن، آدرس، نظرات، تصاویر و .. بهترینو آذر 1401-آلموتکنیک طاهری
  • خرید تتر فروش تتر قیمت تتر و دیگر ارزهای دیجیتال در بیت برگ-تترفا
  • درباره ما تفلون پارت پلیمر-آریس تفلون
  • مشخصات و خرید تابلو فرش دستباف ایرانی اصل ایران راگ
  • از کجا قاب تابلو فرش ماشینی خریداری کنیم؟ ویرگول-نارسیس
  • ثبت نام صرافی کوینکس CoinEx آپدیت 2022
  • بک لینک Backlink چیست؟ 13 نکته + تاثیر منفی! و مثبت روی سئو آکادمی دیجیتال مارکتینگ فرین-بک لینک گلدلینک
  • آشنایی با انواع تجهیزات شبکه-امن باش
  • گیربکس هلیکال شافت مستقیم آرشا صنعت-شهباز موتور
  • مدارک لازم جهت صدور گذرنامهصدور و تمدید پاسپورت-بیات گروپ
  • خرید و قیمت پیراهن لی مردانه از غرفه سوغات فانتزی اصفهان باسلام
  • هندزفری خرید و قیمت انواع هندزفری بی سیم، بلوتوثی و سیم دار 16 آذر-اصیل بخرید
  • فارکس فکتوری فارسی تقویم اقتصادی فارکس بروزرسانی لحظه ای-بروکر آمارکتس
  • بهترین بک لینک خرید بک لینک قوی فروش بک لینک دائمی ساخت و ایجاد بک لینک بکلینک سازی چیست سرویس بک لینک های تضمینی ارزان-خرید بک لینک گلدلینک
  • هوشمندسازی ساختمان معرفی کامل هیربد-خانه هوشمند آکو
  • طراحی سایت در تبریز تبریز وب سایت طراحی وب سایت شرکتی و فروشگاهی سئو سایت-تبریز وردپرس
  • پیراهن آستین کوتاه مردانه فروشگاه اینترنتی پوشاک بادابینگ استایل
  • کناف کاری سقف چیست؟ اجرای کناف کاری سقف بدادم برس
  • خرید کتاب اسب خاکستری و دماغ آلبالو-Horse Daily
  • تأثیر ویژگی های روانشناسی در طراحی اتاق فرار-آل اسکیپ
  • خرید بهترین مدلهای هودی مردانه + قیمت 40 مارک شیک و جذاب -لباس زئوس
  • عوامل مرتبط با استفاده مخاطبان از برنامه­ های پزشکی رسانه ­ها مجله علمی سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران-دراگمد
  • خرید بک لینک pbn سئو روز-خرید pbn گلدلینک
  • پلنیوم باکس خرید آسان اینترنتی و تلفنی پلنیوم باکس با تضمین کیفیت از کالا کیوسک
  • آشنایی با انواع بتن های مورد مصرف در صنعت ساختمان
  • رفع گرفتگی لوله با قوی ترین محلول لوله بازکن لوله بازکنی تخلیه چاه
  • خرید پرده شید لیست قیمت + نمونه کار آقای پرده
  • دریچه خطی اسلوت خرید آسان اینترنتی و تلفنی دریچه خطی اسلوت با تضمین کیفیت از کالا کیوسک
  • آموزش تزریق ژل لب ویدئو آموزش تزریق ژل آکادمی زیبایی ، سایت زیبایی
  • خرید رپورتاژ دانشگاهی edu ️100%‌ دائمی و زیرقیمت-خرید رپورتاژ آگهی گلدلینک
  • قیمت ساخت و اجرای سقف کاذب، تخمین هزینه ساخت و اجرای سقف کاذب در سال ۱۴۰۱ سنجاق-کناف آوگون
  • شارژ کارتریج در محل با لیست قیمت شارژ کارتریج پرینتر لیزری و جوهر افشان
  • شرایط تحصیل در کانادا و تحصیل در ترکیه برای دانشجویان ایرانی
  • آموزش گام به گام و تصویری ثبت نام در صرافی ارز دیجیتال کوکوین راهنمای تبدیل
  • خرید پیراهن هاوایی مردانه ارزان دایان شاپ
  • تور زمینی وان قیمت سفر رزرو تور زمینی وان ترکیه تورخان
  • قیمت پی ال سی PLC خرید انواع PLC پی ال سی- آسام کالا
  • اسکیپ‌می اولین مجموعه اتاق فرار و اسکیپ روم

AMD مگ

در ای ام دی مگ ، آخرین اخبار روز محصولات ای ام را خواهید خواند

دسته بندی

  • اخبار محصولات AMD
  • دسته‌بندی نشده

برچسب ها

ای ام دی

© 2022 ای ام دی مگمجله خبری محصولات AMDamdmag.ir.

No Result
View All Result
  • مجله خبری محصولات ای ام دی
  • Landing Page
  • Buy JNews
  • Support Forum
  • Contact Us

© 2022 ای ام دی مگمجله خبری محصولات AMDamdmag.ir.